CygTerm

CygTerm - Yet another Cygwin console
http://www.dd.iij4u.or.jp/~nsym/cygwin/cygterm/

DOS窓ではサイズの制限やコピー&ペーストなど、いろいろ使いにくいです。

そうなんですよ。私もそれが不満だったんですよ。
私が違うのは、そう思ったときにさくっとツールを組まないところですね。

以下、ネタ元。
Passion For The Future: CygwinシェルをTeraTermで使うCygterm
http://www.ringolab.com/note/daiya/archives/001755.html